Как отключить индексацию?

Я не люблю проповедовать фанатикам. Это бесполезно, всё равно что камню ставить музыку.

Хотите в бардаке работать - работайте. Используйте пути установки программ по-умолчанию, все в кучу, используйте индексацию с потерей фоновых ресурсов и так далее.
Ролик для тех, кто изначально и портабельные версии и установку программ - распаковывает в папки по полочкам, как ему удобно, чтобы потом можно всегда было всё найти, даже если нет ярлыков.
Сервис индексирования нужен для поиска объектов по содержимому, отсутствие сервиса не мешает поиску объектов по названиям.